Nació el 5 de julio de 1936, en la comunidad La Majada, a 5 kms. Churumuco, Michoacán.
Fue bautizado en el templo dedicado a san Pedro Apóstol. Sus padres fueron don Mariano Morales Ortiz y doña María Inés Reyes Zarco.

Obtuvo la licenciatura en Filosofía y Teología por la Universidad Gregoriana de Roma y sociología en Canadá.
En el mismo templo de San Pedro cantó su Primera Misa, al regresar de Roma, en septiembre de 1963. El sacramento del orden sacerdotal, lo recibió en Roma el 2 de diciembre de 1962.

El 8 de marzo de 1976 fue consagrado Obispo titular de Burca y Auxiliar de la Diócesis de Tacámbaro en Michoacán. Durante este tiempo fue el encargado de los movimientos Familiar Cristiano, Cursillos de Cristiandad y Acción Católica. El 5 de junio de 1979 se le designó Obispo titular sucediendo en el cargo a Mons. José Abraham Martínez Betancourt (1903-1982).

El 19 de febrero de 1985 fue nombrado Obispo Coadjutor de la Diócesis de Torreón y tomó posesión el 20 de abril. Fue miembro del Departamento de Vocaciones y Ministerios del Celam, en el trienio 1984-1986.

El 27 de junio de 1990, tomó posesión como segundo Obispo de la Diócesis de Torreón, a la que le expresó:

te acepto toda entera, con tu historia y tu cultura, con tus anhelos y esperanzas, con la verdad y complejidad de tu realidad humana, con tu modo peculiar de ser iglesia, con tus sufrimientos y alegrías, con tu debilidad y fortaleza, con tus carencias y cualidades, con tu esfuerzo constante de fidelidad, de amor, de perfección.

Fue presidente de la Conferencia del Episcopado Mexicano en el trienio 1997-2000. El 20 de enero de 1999 fue designado arzobispo de la Arquidiócesis de San Luis Potosí, y tomó posesión el 18 de marzo del mismo año. En el mensaje que dirigió a la Iglesia Potosina dijo:

Hay en mi corazón un hondo sentimiento de esperanza y de amor. El obispo, hombre de fe, obedece; hombre de esperanza, acepta un nuevo proyecto de Dios; hombre de la Iglesia, se entrega con amor a la nueva misión. El momento del cambio de diócesis es cuando se aprende que es Dios quien actúa en nuestra vida, es el tiempo de la esperanza de un nuevo adviento. Ustedes, hermanos de la Arquidiócesis de San Luis Potosí, son hoy para mí la esperanza y el adviento de Dios en mi vida. Emprender un ejercicio continuo y perseverante de esperanza significa aprender del sí de María… decir sí a todo lo que el Señor me envíe y ordene. Desde esta esperanza y amor, les digo que quiero ser, entre ustedes, con la ayuda de Dios Servus ecclesiae, Servidor de la Iglesia.: De esta Iglesia he llegado a ser servidor, conforme al encargo que Dios me ha confiado de anunciarles plenamente su palabra (Col. 1, 25-26).

El 3 de abril de 2012, a través de la circular 9/2012, anunció el nombramiento del nuevo arzobispo, expresó:

… me encomiendo a sus oraciones para que el Señor me ayude a vivir, en su gracia, en su gozo y en su paz, mi condición de Obispo emérito. Dios me eligió hace 36 años, por medio del ministerio del Papa, ahora me concede descansar. Con la ayuda de Dios me atrevo a decir: misión cumplida. Cuenten siempre con mi grande cariño, gratitud y oración. Fraternalmente, +Luis Morales Reyes.

Finalmente, fue llamado a la casa del Padre, el 2 de febrero de 2024, siendo arzobispo emérito.